Nejsilnějšími prediktory průběhu nemoci jsou u Crohnovy nemoci a ulcerózní kolitidy věk v čase diagnózy, lokalizace nemoci a kouření. Mladý věk v začátku je spojen s agresivnějším průběhem jak Crohnovy nemoci, tak ulcerózní kolitidy.
Lokalizace Crohnovy nemoci je spojena s odlišnými typy komplikací - při lokalizaci v horním trávicím traktu a v proximálním tenkém střevě je to častý chirurgický výkon a rekurence nemoci, při lokalizaci v distálním tenkém střevě je to operace a u rektálního postižení jsou to perianální léze. Extenzivní ulcerózní kolitida je spojena obvykle s těžkým průběhem.
Aktivní kouření zhoršuje Crohnovu nemoc, ale zmenšuje tíži ulcerózní kolitidy. Individuální léčba pacientů s idiopatickými střevními záněty je závislá na lokalizaci a tíži onemocnění.
Je prokázáno, že časné nasazení léčby imunosupresivy nebo biologické léčby zaměřené na tumory nekrotizující faktor-alfa, rychle zlepší stav nemocného, šetří dávku kortikosteroidů, zmenší počet hospitalizací a sníží nutnost chirurgických výkonů.