Použití BIOTRONu v domácích podmínkách se stává více a více častější, což je spojeno s více společnými aplikacemi fototerapie obecně. Fototerapie, podobně jako jiné metody fysikální terapie, má své specifické indikace a kontraindikace.
Přes vysokou úroveň bezpečnosti, není všeobecně přijímán názor na reálné kontraindikace pro ozařování polarizovaným světlem. V některých případech, nebezpečí spojené s jejich aplikací je přeceňováno ( především lékaři ) jindy naopak je podceňováno.
Kontra indikace pro použití polarizovaného světla byly propracovány do detailů a klasifikovány.