Neuronální systém odměny navayuje na struktury odpovědné za řízení motivace. Patří k nim systém receptorů monitorujících vnitřní prostředí organismu (chemoreceptory a mechanoreceptory v jednotlivých orgánech těla, chemoreceptory hypotalamu), integrační okruhy a dráhy retikulární formace, hypotalamus, amygdala, septum a další oddíly limbického systému.
Výstup z tohoto systému do mozkové kůry řídí specifickou modulaci chování - motivaci, motivační úsilí a pohnutku k činnosti naplňující určité základní biologické potřeby.