Bakteriální průjmy tvoří 80% všech průjmů cestovatelů. Nejvýznamnějšími původci jsou enterotoxigenní (ETEC) a enteroagregativní (EAggEC) kmeny Escherichia coli, Campylobacter jejuni, Salmonella sp. a Shigella sp.
Vzácnější jsou infekce vyvolané Vibrio cholerae, Vibrio parahaemolyticus a Yersinia enterocolitica. V klinickém obrazu dominuje průjem, křeče v břiše, může být přítomna horečka a krev ve stolici.
Diagnostika je kultivací stolice nebo výtěru konečníku. Terapie je symptomatická, perorální nebo intravenózní rehydratací, antibiotika se rutinně nenasazují.