Hypertenze, která je příznakem jiného onemocnění se nazývá sekundární. V některých případech může vést časná diagnóza a léčba buď k úplnému vylepšení nebo alespoň l výraznému zlepšení kontroly hypertenze.
Nejčastější příčinou sekundární hypertenze jsou endokrinní onemocnění, především primární hyperaldosteronismus, mnohem méně pak feochromocytom, Cushingův syndrom nebo velmi zřídka i akromegalie nebo primární hyperparatyreóza. K dalším příčinám sekundární hypertenze řadíme renovaskulární hypertenzi, syndrom spánkové apnoe, koarktaci aorty a nebo hypertenzi při nitrolebním tumoru.
Podezření na sekundární hypertenzi bychom měli mít u všech hypertoniků s rezistentní hypertenzí nebo v případech, kdy jsou přítomny příznaky a projevy onemocnění spojených s hypertenzí, např. hypokalémie, záchvatovité obtíže a poruchy spánku.