Metabolická chirurgie je označení pro zásahy do anatomie normálního trávicího ústrojí, jejichž důsledkem je kromě významné redukce nadměrné tělesné hmotnosti rychlá a výrazná úprava metabolických odchylek spojených s obezitou - především diabetu. Nejpravděpodobnějším mechanismem je zamezení kontaktu potravy se sliznicí duodena a proximálního jejuna, a tím potlačení hypotetického anti-inkretinového účinku.
Dosud nejčastěji prováděným výkonem metabolickéchirurgie je žaludeční bypass. Obdobného efektu - vymizení diabetu - lze dosáhnout endoskopockým zavedením duodenálního rukávu (duodenal-jejunal bypass sleeve.