Elektronová mikroskopie (EM) umožňuje rychlou vizualizaci virů v nejrůznějším klinickém materiálu. Na základě jejich morfologie jsou viry řazeny do čeledí.
Viry z jednotlivých čeledí vypadají rozdílně a tyto morfologické odlišnosti jsou základem pro identifikaci virů pomocí EM. Identifikace virů podle morfologie často splní okamžité požadavky klinika k určení infekčního agens.
Diagnostika EM má dvě výhody před ELISou a PCR. Po jednoduchém negativním barvení EM umožňuje rychlou morfologickou identifikaci a diferenciální diagnostiku všech infekčních agens obsažených ve vzorku bez nutnosti speciálních přístupů a/nebo reagencií.
Nevýhodou EM je, že není vhodnou screeningovou metodou.