Abstrakt
V literatuře se objevují nejednotné informace o asociaci některých nemocí a počtem kopií určitých genů v genomu. Spolehlivá kvantifikace počtu kopií genu je nezbytným předpokladem k posouzení možné asociace.
V současné době se ke kvantifikaci nejčastěji používá kvantitativní PCR (QPCR), nicméně stále častěji se používá i takzvaný Paralogue Ratio Test (PRT). V této studii jsme porovnávali kvantifikaci počtu kopií genu pro beta defensin pomocí pyrosekvenačního PRT (PPRT) se dvěma dalšími běžnými metodami - QPCR a trilexním PRT u pěti různých kohort (anglické, dánské, portugalské, ghanské a české). pozorovali jsme systematickou ochylku ve výsledcích získaných pomocí QPCR, nikoli však u PRT.
QPCR je velmi citlivé na kvalitu templátu a může tak vést k nesprávným výsledkům. Jak triplexní tak pyrosekvenačné PRT systematické zkreslení nevykazují.