Dva nezávislé genetické faktory zodpovědné za asociaci lokusu IBD5 s Crohnovou chorobou v české populaci.
Abstrakt
Role lokusu IBD5 v patogenezi Crohnovy nemoci (CN) v české populaci dosud nebyla objasněna. Jeho asociaci s CN jsme testovali za použití sekvenčních variant v genech SLC22A4 (rs1050152), SLC22A5 (rs2631367), dvou polymorfismů, u kterých byla asociace dříve prokázána v celogenomové asociační studii (rs6596075 and rs2188962) a čtyř polamorfismů, které reprezentují haplotypové bloky 4, 7, 9, 10 v lokusu IBD5 (IGR2063b_1, IGR2230a_1, IGR100Xa_1, IGR3236a_1).
Porovnali jsme genotypové, fenotypové a alelické frekvence u 469 nepříbuzných pacientů s CN (177 pediatrických a 292 dospělých) a 470 nepříbuzných zdravých kontrol kavkazského původu v české populaci. Nejsilnějsí rozdíl mezi kontrolami a CN pacienty byl pozorován u polymorfismu rs6596075 (odds ratio [OR] = 0,70 pro alelu G allele; 95% CI 0,52-0,94) v dominantním a pro polymorfismus IGR2063b_1 (OR = 1,38 pro alelu G; 95% CI 1,14-1,67) v log-aditivním modelu.
Napříč lokusu IBD5 jsme pozorovali silnou vazebnou nerovnováhu, s výjimkou polymorfismu rs6596075. Haplotyp, sestávající z minoritních alel testovaných polymorfismů (s výjimkou rs6596075), byl pozorován u 31% pacientů a 23% kontrol (OR = 1,35, 95% CI 1,06-1,72).
Asociace variant v genech SLC22A4 a SLC22A5 byla závislá na tomto rizikovém haplotypu, zatímco silná asociace varianty rs6596075 na něm byla zjevně nezávislá. Naše studie potvrzuje význam lokusu IBD5 při vzniku CN a ukazuje, že za asociací tohoto lokusu s CN stojí dva různé, nezávislé faktory.