Použití předběžných informací z lékařské literatury v projektu analýzy genomu (GWAS) nádorů dutiny ústní k identifikaci nové varianty na chromozomu 4 - metoda AdAPT.
2012
Abstrakt
Použili jsme metodu, která hledá v PubMedu abstrakta dle předem zadaných klíčových slov a konceptů, a s použitím těchto informací jsme označili pravděpodobnost vztahu jednotlivých SNPs s fenotypem, který nás zajímá - metoda AdAPT (Adjusting Association Priors with Text). Výsledky z GWAS mohou být částečně členěny dle kontextu pomocí BFDP.
Nejdříve jsme testovali AdAPT srovnáváním známých alel v předchozím projektu GWAS - karcinom plic, a následně jsme použili metodu dvoufázově u GWAS nádorů dutiny ústní.