Potrava kormorána velkého byla studována na základě (1) rozboru vývržků, jednotlivých kostí a zbytků ryb sesbíraných pod hřadovacími stromy a na základě (2) analýzy obsahu žaludků zastřelených ptáků na čtyřech lokalitách v povodí Vltavy (vše na revírech obhospodařovaných Českým rybářským svazem). S využitím diagnostických kostí (maxillare, dentale, intermaxillare, praeoperculare, operculare, ossa pharyngea) bylo celkem v potravě kormorána velkého identifikováno 1 494 ryb 24 druhů (včetně jednoho hybrida) a 6 čeledí (Cyprinidae, Percidae, Esocidae, Salmonidae, Cottidae, Anguillidae).
Velikost rybí kořisti byla rekonstruována pomocí lineárních regresních závislostí mezi velikostí diagnostické kosti a celkovou délkou ryby (LT). Z dominantních druhů ryb (početně 86,7 % potravy) byla plotice obecná (Rutilus rutilus) lovena ve velikosti 5–35 cm LT, okoun říční (Perca fluviatilis) ve velikosti 9–37 cm LT, jelec tloušť (Squalius cephalus) ve velikosti 5–35 cm LT, ježdík obecný (Gymnocephalus cernuus) ve velikosti 6–19 cm LT, ouklej obecná (Alburnus alburnus) ve velikosti 5–20 cm LT a hrouzek obecný (Gobio gobio) ve velikosti 3–14 cm LT.
Největší rybou ulovenou kormorány byl 46 cm dlouhý úhoř říční (Anguilla anguilla) a 41 cm dlouhý candát obecný (Sander lucioperca).