Perinatální mozková hypoxie je známá svými klinickými důsledky a je i velmi dobře popsána na základě experimentálních modelů. Jejími důsledky jsou ztráty části neuronů integračních okruhů mozkové kůry, redukce jejich dendritických větví, změny počtu synapsí i stupně myelinizace axonů.
Tyto strukturální změny mají funkční důsledky, včetně změn kognitivních funkcí.