Laboratorní diagnostika mikrobiálních původců infekčního výtoku z ženského genitálu je založena na vyhodnocení vaginální mikrobioty a patofyziologie vaginálního kompartmentu v souvislostech znalostí epidemiologie a klinického kontextu. Mikrobiologická diagnostika je založena na kombinaci mikroskopického vyšetření (skórovací systémy) a kultivace, u trichomonád rovněž na PCR.
V případě druhové identifikace lze dnes využít rovněž technologii MALDI-TOF.