Protilátky proti cytoplazmatickým antigenům neutrofilů (ANCA) jsou u dospělých diagnostické pro primární systémové vaskulitidy malých cév a nekrotizující glomemlonefritidy. V dětském věku se navíc asociují s diagnózou juvenilní chronické artritídy a cystické fibrózy.
U dětí i u dospělých se dále vyskytují u některých forem autoimunitních hepatitíd, uveitid a ulcerózní kolitidy. V klinické praxi stanovení ANČA přispívá k diferenciální diagnóze skupiny závažných onemocnění se známkami vaskulámího postižení.
Specifikace cílových antigénu napomáhá k bližší klasifikaci chorobných jednotek.