Primární permanentní kongenitální hypotyreóza je v 80 - 85 % případů způsobena poruchou vývoje štítné žlázy. Nejčastějšími formami dysgeneze štítné žlázy jsou ektopie, atyreóza a hypoplázie.
Dysgeneze štítné žlázy byla dlouho považována za onemocnění jen se sporadickým výskytem. Familiární případy dysgeneze, zvýšený výskyt sdružených vrozených vývojových vad, častější postižení ženského pohlaví a rasové rozdíly v incidenci však obracejí pozornost ke geneticky podmíněným mechanismům v patogenezi tohoto onemocnění.
Vývoj štítné žlázy je řízen trvale nebo přechodně exprimovanými transkripčními faktory. Mutace jejich genů proto mohou vést k poruše vývoje štítné žlázy.
U několika pacientů s dysgenezí štítné žlázy byly mutace genů pro TTF-1, TTF-2 a PAX-8 již prokázány. Tyto transkripční faktory se exprimují i během vývoje ostatních orgánů, které mohou být postiženy stejně jako štítná žláza (např. rozštěp patra a epiglotis u mutace genu pro TTF-2, malformace ledvin u mutace genu pro PAX-8, plicní a neurologické postižení u mutace genu pro TTF-1).
V současné době jsou předmětem intenzivního výzkumu i další kandidátní geny.