Prenatální expozice opiátům vede rovněž k dlouhodobým změnám, jakými jsou např. poruchy chování, učení a paměti, reprodukce, zhoršená adaptace na nové prostředí a stres a změny v záchvatové pohotovosti. Tyto účinky jsou zřejmě zprostředkovány řadou neurotransmiterových systémů centrálního nervového systému, které jsou prenatální aplikací drog rovněž ovlivněny.
Vedle opioidního systému to mohou b ýt i systémy cholinergní a katecholaminergní.