Kapilární elektroforéza (CE) je moderní separační metoda, která se v současné době stává vhodnou alternativou ke kapalinové chromatografii. Separace jsou v CE prováděny v tenkých křemenných kapilárách, což s sebou přináší vysokou separační účinnost, malé požadavky na množství vzorku a vysokou rychlost analýzy.
CE má široké uplatnění při analýze komplexních směsí, jakými jsou tělní tekutiny. CE je vhodná jak pro stanovení nízkomolekulárních biologicky aktivních látek tak i proteinů.