Bezpečnost a užitečnost gastrointestinální endoskopie v graviditě nebyla dosud dostatečně studována. Humánní studie jsou většinou malé a retrospektivní.
Většina informací o lécích je získávána ze studií na zvířatech, a proto není zcela aplikovateln á na člověka. Invazivní výkony jsou odůvodněné především tehdy, pokud by jejich neprovedení mohlo vést k poškození matky nebo plodu.
Informovaný souhlas proto musí zdůraznit jak možné nebezpečí pro matku, tak pro plod. Protože plod je značně citlivý na hypoxii a hypotenzi matky, možné nebezpečí, plynoucí z endoskopického vyšetření gravidních žen, spočívá především v hypotenzi a hypoxii matky.
Dalším nebezpečím endoskopie je vznik malformace plodu anebo jeho odumření a předčasný porod. Proto pokud možno odkládáme vyšetření na 2. trimestr.
Hlavními příčinami, které k takovým stavům mohou vést, jsou nadměrná sedace matky a nevhodná poloha matky při vyšetření. Nebezpečí teratogenity leží především v používaných lécích a radiačním záření.