Podávání pentamidinu může u necelých 7-8 procent nemocných vyvolat inzulin dependentní diabetes mellitus. Diabetes mnohem častěji vzniká po intravenózně podaném než po inhalačně aplikovaném pentamidinu.
Diabetu velmi často předchází hypoglykémie, která sama o sobě může mít těžký až fatální průběh. Doba vzniku diabetu od zahájení léčby je variabilní a kolísá od 3 dnů po zahájení léčby po několik měsíců po jejím ukončení.
Velká část pacientů vyžaduje léčbu diabetu inzulínem.