Gynekologické operace řadíme mezi čisté s možnou kontaminací, do operačního pole mohou pronikat grampozitivní koky z kůže nebo gramnegativní bakterie z okolí perinea a třísel, nebo polymikrobiální flóra pochvy, v závislosti od místa operace. Profylaktické podání antibiotika doplňuje účinek přirozených imunitních mechanismů tkání a pomáhá likvidovat přítomné bakterie. Četné srovnávací studie hodnotily příznivý efekt antibiotické profylaxe v gynekologické chirurgii.
Benefit podání antibiotika před zavedením IUD, před výkonem na čípku a před hysteroskopickou operativou nebyl prokázán. Naproti tomu antibiotické krytí vaginálních operací včetně hysterektomie snižuje výskyt pooperačních febrilních komplikací.
Nebyl jasně prokázán pozitivní vliv podání antibiotika před prostou laparoskopií a laparotomií bez otevření pochvy nebo střeva. Antibiotická profylaxe u abdominální hysterektomie výrazně snižuje výskyt pooperačních komplikací, jako ideální se zdá jednorázové podání 2 g cefazolinu, u morbidní obezity nebo u trvání výkonu déle než 3 hodiny je vhodnější opakované podání látky.
Relativně nové postupy v urogynekologii, které využívají aplikaci síťových materiálů zatím nebyly kvalitně zhodnoceny z hlediska výskytu pooperačních infekcí a vlivu antibiotické profylaxe. Přítomnost cizorodého materiálu v potenciálně infekčním terénu však představuje jisté riziko pooperačních infekcí, a proto se podání profylaxe doporučuje