Klasická léčba záškrtu je založena na podání hyperimunního séra, které zneutralizuje difterický toxin, a následné antibiotické kúry, které zahubí původce nemoci. Antidifterické sérum však již v ČR není a zřejmě nebude k dispozici, a to nutí ke změně celé léčebné strategie.
Jestliže není možné použít antisérum, přestává být antibiotikem volby penicilin a místo něj je vhodné použít antibiotika blokující proteosyntézu (klinfamycin, linezolid); u méně závažných případů lze použít i makrolidy.