CT je využíváno hojně v zavedených indikacích, jako jsou plicní embolie a disekce aorty. Pro tato vyšetření není nutná EKG synchronizace a přístroje starších generací jsou dostačující.
Nejčastější indikací k CT srdce je ischemická choroba srdeční, indikace však dosud nejsou striktně stanoveny. Podle doporučení jsou k CT koronarografii indikováni asymptomatičtí pacienti se středním rizikem a symptomatičtí pacienti s nízkým rizikem, v obou případech při negativním EKG, kardiospecifických markerech a nediagnostickém zátěžovém testu.
Za zcela nevhodné je považováno využití CT koronarografie jako screeningového nástroje u asymptomatických pacientů s nízkým rizikem a u pacientů s akutním koronárním syndromem. Vhodnou indikací je také zobrazení aortokoronárních bypassů.
Mezi ostatní méně časté indikace patří zobrazení vrozených srdečních vad, zobrazení srdce pro plánování arytmologických výkonů a využití CT v diferenciální diagnostice expanzí a při hodnocení onemocněním perikardu.