Hlavní funkcí imunitního systému je adekvátní reakce na nebezpečný podnět a jeho eliminace. Neadekvátní, ať již nedostatečná nebo nadměrná, reakce může vést k po škození organismu a k nemoci.
V případě nedostatečné reaktivity může organismus podlehnout v boji proti mikroorganismům nebo proti růstu nádorových buněk. V případě nepatřičně nadměrné reaktivity dochází k alergické reakci na neškodné antigeny ze zevního prostředí nebo k imunopatologické reakci na vnitřní autoantigeny.
V obojím případě dochází k poškození buněk nebo tkání organismu imunitními mechanismy.