Probiotika jsou živé mikroorganizmy, které aplikovány v přiměřeném množství příznivě ovlivňují zdravotní stav hostitele. Hlavním mechanizmem účinku probiotik je jejich vliv na funkci střevní slizniční bariéry a ovlivnění imunitní odpovědi hostitele.
Při posuzování kvality probiotika je rozhodující průkaznost efektu konkrétního probiotického kmene v dané klinické situaci podpořené důkazy Evidence- based medicine. Z tohoto pohledu jsou účinná Lactobacillus GG, Lactobacillus reuteri, Enterococcus faecium či Saccharomyces boulardii.
Průkazný je pozitivní efekt probiotik u nekrotizující enterokolitidy, infekčních i postantibiotických průjmových onemocnění, v prevenci atopického ekzému, udržení remise u ulcerózní kolitidy a chronické pouchitidy.