Cytometrické metody, zvláště pak průtoková cytometrie jsou dnes již součástí rutinního vyšetření v klinické imunologii a v hematologii. Bez vyšetření průtokovým cytometrem se neobejde diagnóza leukémie a lymfomu, poruch imunity ani sledování imunosupresivní léčby například po transplantacích solidních orgánů.
V současné době se objevují i nové oblasti aplikací průtokové cytometrie jako je například vyšetřování trombocytů, které může odhalit jejich poruchy vedoucí ke snížení srážlivosti nebo naopak ke vzniku trombóz. V biomedicinském a biologickém výzkumu je aplikací cytometrie celá řada.