Bolest jako subjektivní vjem postiženého jedince informuje o poruše funkce, popřípadě i o orgánovém postižení. Indikací k zahájení rehabilitace jsou bolesti a poruchy funkce v oblasti hybného systému.
Fyziologické dělení bolesti na nociceptivní, neuropatickou a psychogenní je důležité i z hlediska rehabilitace. Znalost příčiny bolesti je žádoucí pro její efektivní zvládnutí.
Problémem zůstává odstranění fantomových bolestí a kauzalgií. Radiofrekvenční terapie se jeví jako slibná metoda ke zmírnění nebo i odstranění bolesti.
Limitujícím faktorem pro další pokračování v rehabilitačních aktivitách je bolest, která má vzestupný charakter jak co do intenzity tak četnosti projevů.