Zánět ve stěně průdušek bývá přítomen již v časném stadiu onemocnění. Zánětlivá infiltrace způsobuje převážně mononukleární buňky ve sliznici a neutrofily ve hlenu produkovaném dýchacími cestami.
Na zánětu se mohou podílet i eozinofily. Distribuce lymfocytů je odlišná od astmatu, protože u CHOPN je infiltrována hlavně submukóza.
Objevuje se metaplazie pohárkových buněk. Chronická bronchiální obstrukce charakterizující CHOPN je vyvolána spojením onemocnění malých dýchacích cest (obstrukční bronchiolitida) a destrukce plicního parenchymu (emfyzém), které jak přispívají k poškození, tak se liší od člověka k člověku.
Chronický zánět je příčinou přestavby a zúžení malých dýchacích cest. Destrukce plicního parenchymu a zánět způsobují ztrátu alveolárního spojení s malými dýchacími cestami a snižuje se elastický plicní stres.
CHOPN se snaží vysvětlit dvě teorie – teorie nerovnováhy mezi proteinázami a antiproteinázami a teorie oxidačního stresu.