V posledních dvaceti letech se díky výzkumu na myš ích modelech zásadně rozšířily naše znalosti o embryonálním vývoji hypofýzy. Ten je řízen kaskádou signálních molekul a transkripčních faktorů produkovaných jak okolními tkáněmi, tak hlavně buňkami zárodečných tkání žlázy samotné.
Geny pro transkripční faktory specifické pro vývoj hypofýzy patří do fylogeneticky velmi staré rodiny homeobox genů. Právě jejich přiměřená exprese v čase i prostoru je nutná pro vznik morfologicky i funkčně plnohodnotné tkáně.
Přední a střední lalok žlázy má původ v orálním ektodermu, zadní lalok v neuroektodermu diencefala. Vývoj předního laloku má dvě fáze.
V první fázi vzniká anatomický základ orgánu (morfogeneze adenohypofýzy) - nejdříve ztluštěním ektodermu stropu primordia ústní dutiny vzniká hypofyzární ploténka, poté se formuje Rathkeho výchlipka a na závěr tkáň získává finální podobu a naléhá na základ neurohypofýzy. Tento proces je řízen transkripčními faktory HESX1, PITX1, PITX2, LHX3a LHX4.
Jejich mutace u člověka vede zpravidla ke kombinovanému deficitu pituitárních hormonů, často spolu s defektem vývoje mozku. V druhé fázi se diferencují jednotlivé buněčné linie uvnitř zralé adenohypofýzy.
Vedle řady extrapituitárních signálníchmolekul tento proces řídí dva po sobě následující transkripční faktory - PROP1 a PIT1(POU1F1). Jejich mutace vedou k deficitu několika pituitárních hormonů bez jiných fenotypových projevů.
Mutace PROP1 jsou nejčastější příčinou geneticky podmíněné-ho kombinovaného pituitárního deficitu ve střední Evropě.