I u pacientů s diagnostikovanou fibrilací síní bývá až ve čtvrtině případů jiná možná příčina CMP a je vždy nutné kompletní dovyšetření všech etiologických faktorů. Antikoagulační léčba je vždy jasně indikována i přes vyšší riziko intrakraniálních krvácivých komplikací.
Odhad rizika intrakraniálního krvácení při plánované antikoagulaci, např. podle HAS-BLED skóre lze doplnit o zhodnocení rozsahu ischemického postižení mozku (prodělaného iktu, leukoaraiózy) a výskytu mikrohemoragií na MR. Riziko intrakraniálních krvácení je nižší u nových antikoagulancií - dabigatranu, rivaroxabanu, apixabanu.
Antikoagulaci zahajujeme po CMP individuálně podle rozsahu ischemického ložiska. Při významné ischemii je vhodné začít s nízkomolekulárním heparinem po dobu 7-14 dnů, na kterou navazujeme warfarinem.