Počítačové modelování intracelulárních a extracelulárních proteinů je jednou z nepostradatelných metod strukturní biologie. Nachází uplatnění zejména v případech, kdy strukturu proteinu nelze určit experimentálními metodami.
Příklady přibližující využití při přípravě umělých tkání, např. chrupavky kloubů.