Automatická čipová kapilární elektroforéza byla použita při detekci a izolaci laktoferinu a metaloproteinázy z lidské matrice (MMP-9), jakož i při zkoumání interakcí a štěpení kolagenu s MMP-9. Tato metoda je citlivou a jednoduchou technikou lepší než SDS-PAGE.
Je užitečný v proteomickém výzkumu.