Jako refrakterní refluxní choroba jícnu je klasifikován stav, kdy i přes maximální léčbu refluxní symptomy přetrvávají nebo se mohou objevit nové a selhává hojení ezofagitidy. Za maximální léčbu je považováno podávání inhibitoru protonové pumpy v plné dávce 2krát denně.
Nelze vyloučit, že část pacientů s refrakterní refluxní chorobou jícnu není dostatečně vyšetřena. Diferenciální diagnostika refrakterních příznaků je obtížnější při ezofagitidě non-erozivní než při ezofagitidě erozivní.