Základem lé čby hypotyreózy je substituce levothyroxinem. U těhotných žen však strategie léčby poněkud odlišná od běžné populace a cílové hodnoty TSH jsou při léčbě <2,5 v první a <3,0 mIU/l v druhém a třetím trimestru.
Hypertyreóza se léčí v prvním trimestru propylthiouracilem a v druhém a třetím trimestru stejně jako během kojení methimazolem.