Problematika náboženských menšin v moderní střední Evropě, včetně českých zemí, má tendenci přihlížet odstatné důvody. Je však třeba mít na paměti, že náboženství bylo klíčovým faktorem v evropské společnosti v minulosti, a to zejména od reformace až do oslabení významu náboženství v 18. a 19. století; v té době, moderní typ nacionalistických konfliktů nebyly pozorovány.Husitské hnutí a specifický vývoj české reformace je tedy otázka náboženských menšin.
Je zajímavé, že jedním z nejstarších dokumentů právní tolerance pochází z Čech, a to postavení náboženských menšin regulovaných v dohodovacím koncilu v Kutné Hoře v roce 1485. Po bitvě na Bílé hoře, a to zejména v obnoveném zemském řízení, byla zahájen proces likvidace náboženských menšin, i když na začátku byla tvořena většina v číslech (s výjimkou Židů).
Tolerance se změnila až v roce 1781; Nicméně, to ne znamená jejich rovnost a náboženské menšiny pokračovali ve své existenci.Odstranění preference katolického náboženství se projevilo zejména v roce 1849 a 1868, ale některá privilegia katolické církve přežila až do ukončení monarchie. Od samého počátku v roce 1918 se Československo pokusilo zajistitt přísnou rovnost všech náboženství, i když zcela překvapivě, se ustanovení Ústavy z roku 1920 obsahovalo mnoho poznámek k náboženským menšinám.
To bylo zřejmě způsobeno pravidly mezinárodního práva, spíše než skutečný význam této problematiky pro společnost. Komunistické Československo v podstatě všechny utlačované náboženství, zatímco po roce 1989 se země vrátila ke konceptu, které platily před druhou světovou válkou, tedy k nepřítomnosti preference nějakého náboženství.
Od roku 1918 má otázka náboženských menšin zcela marginální význam. Případné konflikty byly navrženy k úvaze soudů a správních orgánů v rámci jejich rozhodování, pravomoci na rozdíl od minulosti, žádný zvláštní právní předpis neexistuje.