K embolizaci do systémového oběhu dochází nejčastěji z levostranných srdečních oddílů, respektive z ascendentní aorty či oblouku aorty. K embolizaci ze žilního řečiště či pravostranných oddílů samotných může docházet při perzistenci foramen ovale patens (PFO) či defektu septa síní (tzv. paradoxní embolizace).