Pantoprazol je zástupcem lékové skupiny označované jako inhibitory protonové pumpy. Nově je pantoprazol vedle své sodné soli dostupný rovněž v soli hořečnaté, která je indikována k léčbě refluxní ezofagitidy u osob starších 12 let, a u dospělých navíc k léčbě žaludečních a duodenálních vředů, Zollingerova-Ellisonova syndromu a jiných stavů charakterizovaných patologickou hypersekrecí kyseliny chlorovodíkové.
Její účinnost a bezpečnost je potvrzena řadou klinických studií a nabízí vzhledem k poněkud odlišným farmakokinetickým parametrům novou terapeutickou alternativu.