Fylogenetická a molekulární analýza virů chřipky A/H1N1pdm izolovaných v epidemické sezoně 2012/2013 od pacientů hospitalizovaných s příznaky ILI
Abstrakt
Cíl práce: Provést fylogenetickou a molekulární analýzu virů chřipky A/H1N1pdm izolovaných v epidemické sezoně 2012/2013 od pacientů hospitalizovaných s příznaky ILI (influenza-like illnes). Materiál a metodiky: Analyzovaný soubor představoval 34 kmenů viru pandemické chřipky A/H1N1pdm v epidemické sezoně 2012/2013 v ČR.
Kmeny byly podrobeny parciálnímu nebo celogenomovému sekvenování. Jednotlivé genomové segmenty se porovnaly na nukleotidové i aminokyselinové úrovni, určila se absolutní i procentní sekvenční identita a identifikovaly se fylogenetické vztahy.
V posledním bodu se analyzovaly rozdíly v molekule H1 oproti aktuálnímu vakcinačnímu kmenu a identifikovala se genotypová struktura a přítomnost molekulárních markerů majících vztah k patogenitě a rezistenci na antivirotika. Výsledky: Fylogenetická analýza molekuly H1 naznačila příslušnost všech 34 A/H1N1pdm izolátů reprezentujících sezonu 2012/2013 v ČR do H1 skupiny 6 s členěním do dvou H1 sublinií 6A a 6B.
Mapování rozdílů do známých antigenních oblastí molekuly H1 ukázalo dvě stabilní změny oproti aktuálnímu vakcinačnímu kmenu, a to v antigenních oblastech Sb a Ca1. Dále byly identifikovány sporadické mutace spadající do antigenní oblasti Ca2, Cb a Sb.
Genotypizace odhalila ko-cirkulaci dvou příbuzných, ale jasně rozlišitelných genotypů A/H1N1pdm. Všechny izoláty se vyznačovaly citlivostí na oseltamivir.
U jednoho kmene byly identifikovány dvě N1 subpopulace oseltamivir senzitivní a rezistentní v přibližně ekvimolárním poměru. Závěr: Všechny A/H1N1pdm izoláty reprezentující epidemickou sezonu 2012/2013 v ČR představovaly fenotypově jednotnou skupinu.
Na nukleotidové úrovni byla divergence relativně výraznější s možností identifikace H1 sublinií i diskrétních genotypů. Molekuly H1 se vyznačovaly vysokou identitou s vakcinačním kmenem A/California/7/2009 (H1N1), což dokazovalo dostatečnou protektivitu aktuální vakcíny.
