V této části skript je popsána obrana proti různým patogenům a nádorově pozměněným buňkám. Imunitní systém musí být schopen rozlišit škodlivé patogeny od mikroorganismů, které nejsou nebezpečné.
Způsob obrany proti infekci závisí na vlastnostech patogenu. Příliš silná nebo dlouhotrvající imunitní odpověď může způsobit větší poškození hostitele než samotný patogen.
Pro imunitní systém je obtížné rozpoznat nádorové buňky, které exprimují řadu autoantigenů. Pokud jsou imunitním systémem rozpoznány, mohou se v obraně proti nim uplatnit nespecifické i antigenně specifické imunitní mechanismy.
Dále jsou zde popsány základní laboratorní metody, které slouží ke stanovení humorálních či buněčných složek imunitního systému. Jde o kvantitativní či kvalitativní testy, které jsou založeny na specifické reakci antigenu s protilátkou.