Funkční tyreopatie přinášejí nemocným významná zdravotní rizika. Rozvinuté funkční tyreopatie léčíme vždy, zatímco indikace k léčbě subklinických tyreopatií jsou individuální a často kontroverzní.
Panuje shoda, že tyto poruchy by měly být diagnostikovány a osoby by měly být sledovány. V substituci hypotyreózy je lékem volby levotyroxin, v léčbě hypertyreózy methimazol.
Podávání propylthiouracilu by mělo být omezeno na 1. trimestr gravidity, protože byla popsána jeho závažná hepatotoxicita. U hypertyreózy na podkladě tyreoidálních uzlů a u imunogenní hypertyreózy, která nepřejde do trvalé remise, je na místě definitivní řešení - operace nebo léčba radiojodem.
Radiojod lze při dodržení podmínek radiační ochrany podat i ambulantně. Výjimečně lze v individuálních případech podávat malé dávky methimazolu dlouhodobě.