Gestageny mají různé biologické vlastnosti, na které bereme ohled při jejich volbě. V hormonální substituční terapii volíme progestin dle jeho metabolické neutrálnosti a bezpečnosti vzhledem k možnému riziku onemocnění karcinomem prsu.
Mikronizovaný progesteron a dydrogesteron mají pravděpodobně lepší bezpečnostní profil než syntetické progestiny. Také v suplementaci gestagenů v těhotenství dáváme přednost přirozeným gestagenům před syntetickými progestiny.