Současná definice gastroezofageální refluxní choroby jícnu je založena především n aklinických kritériích, jejichž přesná korelace je poměrně obtížná. role patologa spočívá především v potvrzení morfologických změn způsobených gastroezofageálním refluxem. Tradiční hodnocení regresivních, zánětlivých a reaktivních změn v dlaždicovém epitelu jíčnu postrádá dostatečnou senzitivitu a specificitu, a proto se v současné době obrací pozornost k chtronickým metaplastickým změnám sliznice jícnu, přičež tato je definována jako jakýkoli typ sliznice nacházející se prosimálně od sliznice oxyntické (odpovídající fundické sliznici žaludku).
Při refluxu se tato sliznice, za normálních okolností krytá dlaždicovým epitelem, mění ve sliznici kolumnární, v níž lze dále podle morfologie žlázek a imunofenotypu jejich buněk diferencovat sliznici oxantokardiackou, kardiackou, sliznic s intestinální metaplaázií a intermediální typ kardiacké sliznice s expresí interstinálního transkripčního faktoru CDX2, ale bez pohárkových buněk. Právě poslední dva slizniční typy jsou nyní považovány za halvní kadnidáty pro neoplastickou transformaci, zatímco odexntokardiacká sliznice je považována za geneticky stabilní kompenzatorní změnu bez nebezpečí další progrese.
Hodnocení dysplastických změn (intraepiteliální neoplázie) žlázového epitelu jícnu je natolik obtížné a pro osud pacienta rozhodující, že vyžaduje nutnost druhého čtení. V další progresi adenokarcinomu jícnu je pro histopatologa zásadní nezaměnit invazi do prostoru mezi dvěma vrstvami rozštěpené lamina muscularis mucosae se skutečnou infiltrací submukózy s odlišným prognostickým významem.
Největší výzvou pro další pokrok v porozumění biologii gastroezofageální refluxní choroby by mělo být objasnění skutečného vlivu suprese sekrece kyselé žaludeční šťávy na vznik adenokarcinomu distálního jícnu.