Problematika nerefluxních ezofagitid zůstává vzhledem k jejich relativní vzácnosti poněkud ve stínu onemocnění jícnu vyvolaného gastroezofageálním refluxem. V diagnostice často nelze dosáhnout přesného závěru pouze na základě histologického vyšetření, ale je třeba korelovat mikroskopický obraz s klinickou symptomatologií, endoskopickým makroskopickým obrazem, osobní a farmakologickou anamnézou, případně i s výsledky hematologických, serologických, imunologických a mikrobiologických vyšetření.
Vzhledem k tomu, že jednotlivé typy nerefluxních ezofagitid jsou pro svou nízkou prevalenci v běžném bioptickém provozu poměrně málo zastoupeny, a projevují se omezenou škálou morfologických obrazů, přičemž ale jedna příčina může být asociována s více obrazy a naopak určitý morfologický obraz může být společný pro v íce etiologických agens, je nutné postupovat v diagnostice podle zažitého algoritmu, který zabrání nepřiměřeně úzkému pohledu histopatologa. Histologické znaky, které jsou součástí tohoto algoritmu zahrnují charakter zánětlivého infiltrátu, typ poškození epitelu a (v některých případech) i v histologickém řezu viditelné etiologické agens.