Eutrofizace je proces obohacování ekosystému živinami. Mezi chemické látky nejvíce zodpovědné za eutrofizaci patří sloučeniny dusíku a fosforu.
Je předpokládán vliv sloučenin dusíku ve vzduchu (či jejich kombinace s fosforem) na epifytické druhy lišejníků. Všeobecně platí, že s rostoucí koncentrací dusíku je postupně klesá počet acidofytů a zvyšuje se počet nitrofilních druhů.
V extrémních případech (když se ještě zvýší koncentrace dusíku) je pozorován nepříznivý vliv dokonce i na nitrofyty a může dojít k úplné eliminaci krytu lišejníků. Nicméně vyvážený přísun sloučenin dusíku a fosforu může vést k vyššímu růstu cyanolišejníků.
Dobrými ukazately eutrofizace jsou lišejníky Physconia grisea, Phaeophyscia orbicularis a Xanthoria parietina.