Většina pacientů s Crohnovou nemocí potřebuje během života operační řešení. Ale operace není definitivně kurativní.
U většiny pacientů nemoc rekuruje v anastomóze nebo nad ní. Rekurence je charakterizována novými lézemi.
Faktory predisponující k rekurenci nejsou zatím dobře definovány. Prevence rekurence Crohnovy nemoci po střevní resekci je hlavním cílem v léčbě.
Většina pacientů potřebuje profylaktickou léčbu thiopurinem a preparátem anti-TNFalfa.