Jedním z klíčových témat Petra Vopěnky byl způsob uchopení nekonečna v matematice. Proti zavedené Cantorově teorii množin vznesl řadu námitek.
Vytvořil teorii novou, alternativní, v níž nekonečno překvapivě interpretoval jako prostředek k matematizaci neurčitosti. Podobným způsobem vyložil i kontinuum.
Opřel se o fenomenologii, o Husserlovo heslo "Návrat k věcem samým", a použil některé její pojmy. Přitom nevzdal nárok na matematickou přesnost své teorie.
To přináší jistá úskalí, která se týkají mezí matematické idealizace a jejího vztahu k přirozenému reálnému světu.