Příznaky infekce močových cest u novorozenců mohou být velmi nespecifické. Diagnostika se opírá o chemické a kultivační vyšetření moči, dále se provádějí vyšetření obvyklá při podezření na novorozeneckou sepsi.
Správný odběr vzorku moči je naprosto zásadní, použití sběrných močových sáčků je vzhledem k vysokému riziku kontaminace nevhodné. Základem léčby je časné podání parenterálních antibiotik spolu s udržováním přiměřené hydratace.
K odhalení vrozených vad uropoetického traktu se využívá neinvazivní ultrazvukové vyšetření. Názory na indikaci provedení mikční cystografie novorozencům po první atace akutní pyelonefritidy, u kterých ultrazvuk neprokáže patologii uropoetického traktu, nejsou zatím jednotné.