Abstrakt
Stanovení příbuznosti lidských populací a jejich fylogenetických vztahů je jedním z hlavních témat molekulární antropologie v posledních letech. Zejména rozvoj technik pro zpracování starodávné DNA (ancient DNA, aDNA) se podílí na nových možnostech výzkumu historických i prehistorických lidských populací a jejich poměrem k dnešním moderním populacím.
Z hlediska bioinformatiky je v této oblasti výzkumu pravděpodobně nejpoužívanějším přístupem shluková analýza (cluster analysis) získaných dat. Materiál: V posledních třech letech byly publikovány celé mitochondriální genomy z mnoha populací, jejichž časová distribuce sahá od začátku svrchního paleolitu až po přelom letopočtu.
Zde presentujeme analýzu vybraného setu populací a jedinců, kteří byli vyselektováni zejména s ohledem na vývoj zalidnění v oblasti střední Evropy a procesy, které se podílely na vývoji moderní středoevropské populace během neolitu a doby bronzové. Jedná se o populace mesolitických lovců-sběračů, raných zemědělců, zemědělské populace ze středního neolitu, pozdně neolitické populace střední a východní Evropy, a dále populace z doby bronzové a doby železné.
Metody: Použili jsme různé metody a varianty hierarchického shlukování, jednak s přístupem bottom-up (agglomerative clustering), jednak s přístupem top-down (k-means). Výsledky: Jelikož obecný přístup k identifikování shluků/klastrů a tím i příbuznosti pre/historických populací je postaven na znalostech zejména jejich archeologických, případně antropologických a historických, parametrů, zaměřili jsme se naopak na agnostický (unsupervised) přístup pomocí shlukovacích algoritmů.
Podařilo se nám replikovat některé známé dělení historických populací (např. založené na frekvenci mtDNA haploskupin, na způsobu obživy), a rovněž objevit některé nové vztahy mezi prehistorickými populacemi Evropy (ujasnění vztahu mezi raně neolitickými a pozdně neolitick ými populacemi).