Roztroušená skleróza je zánětlivé a neurodegenerativní onemocnění CNS. V jeho patogenezi se uplatňují abnormálně regulované subsety T lymfocytů Th1 a Th17, které rozpoznávají struktury obalů nervových vláken.
Fyziologické nastavení regulací imunitní soustavy je významně určeno střevní mikrobiotou. Normální střevní mikrobiota udržuje bariérové funkce střevní sliznice a moduluje slizniční i systémovou imunitu homeostaticky.
Abnormální střevní mikrobiota se podílí na zvýšení prostupnosti střevní sliznice pro prozánětlivé působky a zesiluje aktivitu subsetů Th1 a Th17. S ohledem na rozmanité možnosti komunikace mezi CNS a strukturami GIT se mikrobiota střeva přímo i zprostředkovaně podílí na regulacích funkcí CNS a má vliv na obranný i poškozující zánět v mozku.