Arménsko patrí k územiam, kde je historicky doložené kresťanstvo už krátko po Ježišovej smrti. Arménska cirkev bola dokonca úplne prvá, ktorá dosiahla prehlásenie kresťanstva ako oficiálneho náboženstva, a to v roku 301 počas vlády kráľa Tiridata III.
Zlom v komunikácii medzi cirkvami v Arménsku, Ríme a Konštantinopoli nastal po chalcedónskom koncile (451), ktorého sa arménska cirkev nezúčastnila. V obave pred upadnutím do herézy neprijala jeho kristologické závery a od 6. storočia tak zostala bez communia s obidvoma centrami kresťanstva. Čoskoro po vpáde moslimov do arménskeho kráľovstva sa väčšina Arménov presťahoval južne k Stredozemnému mori do oblasti Cilície, kam presídlil i katolikos, najvyšší predstavite ľ cirkvi.
Keď i toto územie začali okupovať Arabi, časť Arménov (i s katolikosom) sa vrátila do pôvodnej vlasti, zatiaľ čo ďalšia časť zostala v Cilícii, kde vznikol druhý katolikosát arménskej cirkvi. Práve tu vznikli prvé pokusy o nastolenie jednoty s Rímom, úspech zaznamenali mních Mchitar zo Sebasty a arcibiskup Abraham Ardzivian, ktorí oficiálne požiadali o prijatie do katolíckej cirkvi.
Tým položili základy pre vznik samostatnej arménskej katolíckej cirkvi sui iuris. Arméni na obidvoch územiach (pôvodné sa stalo súčasťou Ruska, neskôr Sovietskeho zväzu, nové sa stalo súčasťou tureckej ríše Osmanov) trpeli prenasledovaním, ktoré vyvrcholilo na prelome 19. a 20. storočia genocídou, pri ktorej zomrelo približne 1,5 miliónu arménskych kresťanov, členov arménskej apoštolskej, i arménskej katolíckej cirkvi.