Endofytní houby představují velmi heterogenní a druhově bohatou skupinu druhů z různých skupin převážně vřeckovýtrusých hub. Jejich společnou vlastností je schopnost přebývat v pletivech kterékoli rostliny bez jakékoli známky kolonizace.
I po mnoha letech intenzivního studia nás nepřestávají tyto houby překvapovat svou diverzitou, účinky na rostliny a schopností produkovat chemické látky s nejrůznějšími aktivitami a s možností využití v biologické ochraně rostlin a v medicíně.